Imam Aliu kishte caktuar Muhammed bin Ebu Bekrin governator të Egjiptit, po ai pësoi disfatë dhe u vra. Lidhur me këtë ngjarje, Imam Aliu tha:

Kisha menduar të nisja Hashim bin Utben në Egjipt. Ai nuk do t’u kishte lënë gjë mangut kundërshtarëve, e as kohë për ta kapur. Këtë s’e them për të qortuar Muhammed bin Ebu Bekrin, sepse e kam dashur dhe e kam rritur vetë.

(Imam Aliu e kishte dashur e mësuar Muhammedin si birin e tij. Bile sa ishte gjallë ai quhej Muhammed Ibn Ali dhe konsiderohej si djali i tretë i Aliut, pas Hasanit dhe Huseinit. Ai mësoi nga babai i tij i ri të gjitha virtytet dhe dijet dhe e donte shumë Imam Aliun. Por ai kishte një të metë të madhe, dhe kjo ishte nënvlerësimi i armikut. Kur e caktoi governator në Egjipt, Imam Aliu e këshilloi të bënte shumë kujdes nga Mu’avia, por Muhammedi nuk i kushtoi vëmendjen e merituar kësaj këshille)

.......................

Pas vdekjes së Ebu Bekrit, Imam Aliu u martua me nënën e Muhammed ibn Ebu Bekrit, e cila quhej Esma binte Amis. Në këtë mënyrë Muhammedi jetoi e u edukua nën kujdesin e Imam Aliut dhe përvetësoi sjelljet dhe dijet e tij. Imam Aliu e donte shumë, e trajtonte si djalin e tij dhe e kishte zakon që të thoshte: ”Muhammedi është biri im nga Ebu Bekri”. Muhammedi ishte lindur gjatë udhëtimit të Haxhxhit të Lamtumirës dhe ra dëshmor në vitin 38 H., në moshën njëzet e tetë vjeçare.

Kur u ngjit në krye të Kalifatit, Imam Aliu caktoi Kejs bin Sa’d ibn Ubaden si qeveritar të Egjiptit, por rrethanat u zhvilluan në mënyrë të tillë, që ai u largua nga ky post e në vend të tij u dërgua Muhammed bin Ebu Bekri. Gjatë qeverisjes së tij, Kejsi nuk kishte marrë asnjë masë serioze kundër njerëzve të Uthmanit në atë vend, por Muhammedi mendonte të vepronte ndryshe. Një muaj pas vajtjes në atë post, ai u bëri të njohur kundërshtarëve të tij se do t’ua bënte ekzistencën të pamundur, në rast se nuk do t’i bindeshin.

Atëhere ata krijuan një front kundër tij dhe nisën një veprimtari të fshehtë komplotuese, që më vonë filloi të bëhej sheshit, sidomos pas Arbitrimit, kur u hodhën në rebelim nën pretekstin e hakmarrjes. Kjo e prishi keq atmosferën e marrëdhënieve në Egjipt. Kur e mori vesh këtë gjendje të rëndë, Imam Aliu dërgoi në krye të governatoratit të Egjiptit Malik bin Harith el-Eshterin, me qëllim që të shtypte elementët rebelë dhe të shpëtonte administratën nga keqësimi i mëtejshëm; por ai nuk mundi t’u shpëtonte planeve vrasëse të Umejjadëve dhe u helmua rrugës. Në këtë mënyrë governatorati i Egjiptit i mbeti përsëri Muhammedit.

Ndërkaq Mu’avia nuk e kishte harruar premtimin e bërë Amr bin Asit për ndihmën e tij në Siffin si dhe gjatë Arbitrimit, prandaj i dha gjashtë mijë ushtarë dhe e nisi të sulmonte Egjiptin. Kur mësoi për marshimin e forcës armike, Muhammed bin Ebu Bekri i shkruajti Imam Aliut për ndihmë. Imam Aliu iu përgjigj se do t’ia dërgonte pa vonesë ndihmat që kishte kërkuara, por ndërkohë vetë ai duhej të mobilizonte forcat që kishte. Muhammedi mblodhi nën flamurin e tij katër mijë veta e i ndau në dy pjesë.

Njërën prej tyre e mbajti vetë, kurse tjetrën e vuri nën drejtimin e Beshar bin Kinanes, të cilin e urdhëroi të shkonte përpara për të ndaluar përparimin e armikut. Me t’u ndodhur përballë armikut, ushtrinë e tij filluan ta sulmojnë nga çdo anë, por ai e përballoi kundërshtarin me kurajo dhe guxim. Më në fund, Mu’avie bin Hudaixh Kindi u hodh në sulm me të gjithë ushtrinë, megjithatë ata nuk u tërhoqën, por u qëndruan me këmbëngulje hordhive armike, deri sa ranë duke luftuar.

Pas kësaj disfate njerëzit e Muhammed bin Ebu Bekrit u trembën dhe e braktisën. I mbetur vetëm, Muhammedi iku dhe kërkoi strehim në një vend të shkretë. Por armiku e zbuloi ku ishte nëpërmjet dikujt dhe e gjeti kur ishte duke vdekur nga etja. Muhammedi u kërkoi ujë, po këta njerëz mizorë nuk i dhanë dhe e therën ashtu siç ishte, të përvëluar për një pikë ujë. Pastaj e futën trupin e tij në lëkurën e një gomari të ngordhur dhe e dogjën. Ka’b Erxhi kishte kohë që ishte nisur nga Kufa në krye të dymijë luftëtarëve, por Egjipti ishte pushtuar tashmë nga armiku.